乘船是探索新岛屿和推进剧情的关键环节。首次乘船地点位于枯叶市的港口，这里有一艘名为圣安奴号的游轮。到达枯叶市后，直接前往城市右下角的码头，和水手对话即可登船。圣安奴号会带你前往一之岛，开启七岛地区的冒险。
登船后别急着闲逛，船上有不少训练家可以挑战，还能捡到一些实用道具。记得去船长室找船长对话，他会送你秘传技能机HM01一字斩。这个技能非常重要，能砍断小树障碍，之后就能进入枯叶市的电系道馆了。船上的剧情结束后，圣安奴号会离开，但别担心，之后还能通过其他方式返回岛屿。
如果想再次乘船，需要先完成一之岛的剧情。在一之岛的大型PC中心，你会得知红宝石被盗的消息，随后前往灯火山洞穴找回红宝石。交还红宝石后，港口会开通四至七岛的航线。这时回到枯叶市码头，就能选择前往更多岛屿，比如四之岛的训练师塔或七之岛的迷宫洞穴。
乘船时记得带上会冲浪技能的宝可梦，有些岛屿需要冲浪才能到达。在六之岛的记号森林和七之岛的训练师之塔，还能遇到稀有宝可梦和隐藏剧情。乘船不仅是交通工具，更是解锁新区域的关键，所以千万别错过这些航线的探索机会！
最后乘船前最好先存档，避免意外掉线或剧情卡住。如果遇到船不在码头的情况，可能是剧情未触发，回去检查任务进度即可。祝你的航海之旅顺利，早日集齐所有岛屿的宝藏！